厦门大学经济研究所成立于1950年，是当时经教育部批准成立的高校中第一个研究机构，第一任所长由校长王亚南先生亲自兼任。现任所长为靳涛教授。经济研究所历史悠久，成果丰硕，特别是政治经济学专业为国家 "211 工程 " 重点建设项目和国家重点学科。产业经济学为福建省重点学科。经济制度及运行机制研究是研究所的特色，在全国占据比较领先的地位。
由研究所主办的《中国经济问题》于1959年正式创刊，是我国解放后高校中新创的第一家经济学专业杂志。该刊是厦大和全国经济理论工作者的科学研究的园地。除校内名家外，于光远、陶大镛、蒋学模、杨坚白、卫兴华、吴敬链等都曾是她的热情作者。40多年来发表了不少有份量的论文。特别是改革开放以后，有些文章被《红旗》、《新华文摘》等转载。有的如生产劳动问题、剥削问题的论文还引起全国讨论。曾被香港《明报》列为改革开放后的经济理论方面最有影响的20家杂志之一。
研究所师资力量雄厚、学术梯队健全，现有教师18人，其中教授6人，博士生导师6人。副教授6人，讲师4人，具有博士学位8人。研究所设二级学科博士点3个：政治经济学、产业经济学、区域经济学;二级学科硕士点3个：政治经济学、产业经济学、区域经济学。
